La Cofradía tiene su origen en el colegio de la Mirandilla, donde un grupo de jóvenes deciden crear una hermandad. Así, el 25 de mayo de 1955 se crea la Junta Organizadora del Culto a Nuestro Padre Jesús de la Oración en el Huerto, estableciéndose en la Iglesia Parroquial de San José.

Posteriormente, se traslada a la Capilla del Beato Diego, ya que por diversas circunstancias no podía continuar en la anterior Parroquia. En 1958 es erigida ya como Cofradía por decreto del Obispo Tomás Gutiérrez. En febrero 1959 fija su residencia canónica definitiva en la Parroquia de San Severiano (estando ésta todavía en construcción) en los extramuros de la ciudad, desde la que salen sus Titulares en Vía Crucis por las calle de la feligresía. En 1961 realiza ya su recorrido por la Carrera Oficial.

Debido a las dificultades para salir por la puerta principal de su templo, la Cofradía organiza durante varios años su salida procesional desde otras iglesias gaditanas. Todo ello se soluciona al realizar en 1983 anexa a la Parroquia de San Severiano una capilla desde la cual inicia su recorrido penitencial cada Jueves Santo.