Se desconoce la fecha exacta de su fundación debido a la destrucción de buena parte de los archivos de la ciudad en el asalto inglés de 1596, si bien algunos historiadores aseguran su existencia ya en 1500 en el Hospital de la Misericordia cosa para nada demostrada; no obstante, sus primeros datos se documentan en 1594, establecida en el Convento de San Francisco, trasladándose en 1616 al Convento de Santa María.

Se titulaba de la Santa Cruz de Jerusalén y Jesús Nazareno, siendo filial de la del mismo título de Sevilla desde 1633. En 1681 se le concede el título de Regidor Perpetuo de Cádiz, tras librar a la ciudad de una epidemia de peste, dándose voto perpetua también a María Magdalena.