La Hermandad se funda en 1944 por iniciativa del entonces Gobernador Civil de Cádiz, Ricardo Zamora García. Procesionaba con el misterio que hoy se conserva en la Santa Cueva, saliendo del templo de San Francisco a las doce del mediodía del Viernes Santo y recogiéndose a las tres de la tarde en la Catedral; durante el itinerario procesional se realizaba el Sermón de las Siete Palabras.

Queda postrada esta Hermandad en 1962, hasta que un grupo de devotos la reorganiza el 3 de agosto de 1983 en la Parroquia de la Merced, volviendo a salir en la tarde del Viernes Santo de 1987. La penitencial ha tenido diversas sedes canónicas desde esa fecha: la Real Capilla del Pópulo, Parroquia de San Severiano, hasta volver a la actual